Первым делом Иэясу упорядочил систему управления страной. Император и его приближенные потеряли всякую возможность вернуться к власти. Теперь главным в стране был сёгун, у которого, был первый министр, исполнявший роль главного советника, а также регента при несовершеннолетних наследниках Токугава. Эта должность носила название; тайро. Следующим звеном в осуществлении административных функций был городской совет старейшин — родзю, общавшихся с сегуном только через посредство собаёри — своеобразных камергеров правителя. Кроме того, в крупных городах, вроде Киото и Осаки, была учреждена должность самостоятельного правителя — гундай.

Общество делилось на 4 сословия: самураи, крестьяне, ремесленники и купцы. Кроме того, существовали и свои маргиналы: эта (парии), хинин (нищие) и бродячие артисты. Был определен строгий кодекс поведения для каждого сословия, несоблюдение которого строго каралось. Главным сословием были воины-самураи, которые составляли десятую часть всего населения. Они обладали огромным количеством привилегий, а отличительным признаком, указывающим на статус самурая, было ношение двух мечей. Начало периода Токугава стало эпохой расцвета самурайства: за малейший неверный жест со стороны представителя низшего сословия они имели право казнить его на месте. В то же время самураи занимались только войной и ничего другого делать не умели, а содержать такую большую армию в условиях достигнутого мира было совершенно бессмысленно, поэтому очень скоро начинается упадок самурайства. Вынужденные зарабатывать себе на жизнь, они либо превращались в наемных убийц — ронинов, либо становились разбойниками, либо преодолевали собственное презрение к мирским занятиям и становились чиновниками или торговцами. Небольшое число самураев нашли себя в преподавании основ воинского искусства: были открыты школы, где мальчиков из знатных семей обучали воинскому искусству, а также специфическому кодексу «Бусидо». Опустившиеся самураи не желали мириться с подобным положением дел, вследствие чего режиму Токугава неоднократно приходилось подавлять восстания ронинов, стремившихся вернуть себе былую славу и привилегии. В целом вплоть до конца правления Токугава в обществе царили относительная стабильность и покой.