В начале периода Муромати продолжало увеличиваться влияние Исэ синто, чья стройная, пусть и ложная, система положений привлекала «южного» императора. Однако усиление клана Асикага положило конец могуществу синтоистского клана Ватараи. Последний удар нанесло новое учение «Единственное изначальное синто», основателем которого был Ёсида Канэтомо из древнего рода священнослужителей-гадателей синто — Урабэ. В распространении своего учения он использовал те же приемы, которые когда-то принесли успех клану Ватараи — сослался на подложный документ, который якобы издревле хранился у семьи Ёсида. В отличие от Ватараи, Ёсида при изложении основных положений своего учения использовал даосскую терминологию. В своем учении Ёсида провозглашал, что почитавшаяся до сих пор как главное Щк божество богиня Аматэрасу на самом деле не имеет никаких оснований для подобного к ней отношения. Согласно документу, которым располагал Ёсида, божеством, более древним, чем даже небо и земля, было божество Тайгэнсонсин, а все остальные боги японского пантеона были лишь воплощением этого изначального ками. В связи с этим все вопросы по поводу главенства того или иного синтоистского святилища отпадают как не имеющие никакого основания. Вооружившись подобным учением, Ёсида решил заручиться не только поддержкой с каждым днем теряющего свой авторитет императора, но и усиливающегося режима Муромати. Поскольку сам сёгун был далек от подобных дел, то Ёсида обратился к императрице, которую сумел склонить на свою сторону. Результатом его усилий стало строительство нового храма в резиденции сёгуната, который должен был отражать все идеи нового учения. Новое святилище было построено в 1485 году и представляло собой главный храм в форме восьмиугольника, окруженный множеством святилищ, посвященных всем официально признанным синтоистским богам, коих насчитывалось более трех тысяч. Центральное сооружение получило название в честь главного божества новой религии — Палата Великого Основания. Восьмиугольная крыша символизировала все стороны света, с нее по центральному столбу, символизировавшему ось мира, стекала дождевая вода, которая, попадая на пол, просачивалась через камни, количество которых равнялось м чису богинь и богов синтоистского пан-IB теона. Весь архитектурный ансамбль должен был свидетельствовать о единстве синтоистского канона, а также внушать впечатление, что перед вами главное святилище Японии. Единственным достойным конкурентом Ёсида, мешавшим осуществлению его честолюбивых замыслов, оставался храм Исэ, но в дело вмешался сам случай, которым Ёсида не преминул воспользоваться. В результате пожара храм Исэ потерял свою главную святыню — синтай (культовое изображение) Аматэрасу, а Ёсида, предоставив фальшивки, сумел доказать, что богиня сама избрала себе новое место жительства и прибыла в храм нового учения. Так было установлено главенство  семьи Ёсида, которая продолжала пользоваться неоспоримым авторитетом вплоть до эпохи Эдо. Именно ей принадлежало право выдавать лицензии священнослужителям, что наделяло ее неограниченной властью.

Буддизм также продолжал развивать начатое в прошлую эпоху. Дзэн-буддизм способствовал усилению светских тенденций развития общества. Превращая в ритуал повседневные дела человека, взращивая вкус к простым вещам, естественным материалам, учение дзэн все больше срасталось с искусством и все больше отдалялось от своих религиозных основ. Этому немало способствовало новое понимание природы творчества, в процессе которого художник может достичь состояния сатори, к чему стремились все приверженцы этой ветви буддизма. В основе эстетического восприятия дзэн-буддизма лежали понятия, отражавшие стремление в каждом мгновении уловить тайну мироздания, частью которого был и человек. Таковы были понятия «саби, означающее скрытую гармонию всего сущего, «ваби» — простота, «югэн», обозначающее истину, которую нельзя выразить словами. Происходят изменения в архитектурном ансамбле и во внутреннем убранстве буддистских храмов. Место алтаря занима ет отныне сад, окружающий храм или монастырь, используемый для медитаций. Каждый элемент сада символизировал ту или иную часть мироздания, что привело к его сакрализации в глазах буддистов. Постепенно сложились каноны организации садов, где каждому элементу-символу отводилось собственное место.

Тем не менее влияние буддистских монахов постепенно сходит на нет, а после разрушительных нападений войск Нобунага и вовсе прекращается. Было истреблено несколько десятков тысяч буддистских обителей, после чего буддизм навсегда утратил всякую возможность влияния на духовную жизнь японцев.