После того, как клан Асикага одержал победу в борьбе с кланом Нитта, на некоторое время в стране воцарилось спокойствие. Увы, стране еще долго не суждено было восстановить свои силы. Оказалось, что воцарившийся мир быль лишь затишьем перед бурей: довольно скоро началась междоусобная война между императором, жаждавшим вернуть себе законную власть, и домом Асикага, не желавшим эту власть отдавать. Резиденция императора находилась в Иосино, что на юге страны, а ставка сёгуна была в Киото, вернее, в том месте, где от когда-то процветавшего города остались одни развалины. Новые правители были вынуждены восстанавливать город из руин. Первым заново отстроенным районом стал район Муромати, где и была размещена резиденция правителя. Название района дало название всему периоду истории Японии.

Объединение Японии

В 1358 году глава рода Асикага — Такаудзи — умер и борьбу против императора возглавил его сын Ёсиакира, а затем его внук Ёсимицу, с именем которого связано большое количество событий, повлиявших на дальнейшую судьбу страны. Несмотря на явный перевес военных сил сёгуната и уже близившуюся победу, в 1392 году, по инициативе Ёсимицу, между обеими сторонами было заключено соглашение, по которому южный император признавал главенство северного императора Го-Ко-мацу, чью сторону поддерживал дом Асикага. Несмотря на достигнутое соглашение и утверждение власти восстановить стабильность в стране дому Асикага не удалось. Многочисленные крестьянские восстания, рост земельных владений феодалов, — все это способствовало тому, что Япония оставалась раздробленной вплоть до XVI столетия. Усилившийся кризис во всех областях жизни общества настойчиво требовал кардинальных перемен. Режим Муромати был не в состоянии справиться с проблемами, император был лишь марионеткой, в обязанности которого входило только участие в религиозных ритуалах государственного значения, — нужна была третья сила, и она нашлась. Объединителем страны стал самурай Нобунага Ода: не самый крупный землевладелец стал, тем не менее, вершить судьбы страны (он был всего лишь наместником одной из провинциий). В 1560 году молодой Нобунага с небольшим Войском преданных ему воинов захватил провинции Суруга, Имагава,  разбив войска тамошнего наместника, планировавшего захватить власть в Киото. Одним из вассалов побежденного был Токугава, перешедший на сторону Нобунага и позднее сыгравший важную роль в истории страны. В 1568 году Ода вторгся в Киото и захватил власть практически без сопротивления: из столицы бежали все крупные феодалы, захватив и свои войска. Сначала Ода оставил власть в руках дома Асикага, поставив на престол несовершеннолетнего Иосиаки, но после очередной попытки заговора, направленного против Ода, Дом Асикага был практически полностью уничтожен, и в Японии вплоть до XVII века, когда к власти пришел уже упоминавшийся Токугава, не было сегунов. Так была объединена страна. Править Ода так и не пришлось, поскольку до конца своей жизни он был вынужден удерживать завоеванные позиции, стремясь сохранить единство страны. Угрозы со стороны буддистских монастырей, решивших вмешаться в происходящее, а также со стороны крупных землевладельцев, бежавших из Киото, но отнюдь не смирившихся с потерей своего влияния, требовали ведения бесконечных войн. И все же Ода многое сделал и для развития экономики страны: самым главным достижением этого периода стало уничтожение границ между наделами различных феодалов, вся земля отныне считалась единой территорий, где не нужно было платить никаких таможенных пошлин, что немало способствовало развитию торговли. И хотя Ода не удалось достичь политической стабильности, он — признанный объединитель страны, поскольку именно ему принадлежит заслуга начала этого направления внутренней политики. Сам Нобунага умер в 1582 году, покончив жизнь самоубийством, оказавшись окруженным неприятелями в результате измены одного из своих приближенных.

Дело объединения страны продолжил один из его военачальников — Хидэёси Тоётоми, завоевавший ряд провинций. Первое время он враждовал с Токугава, но они быстро пришли к соглашению, по которому последнему отдавались все восточные земли. Хидэёси много сделал и в социальной сфере: были частично удовлетворены требования крестьян, что уменьшило количество восстаний, была проведена перепись населения и реорганизована структура общества. К распространявшемуся в то время христианству Хидэёси относился сначала равнодушно, но затем, опасаясь поддержки, которую могут оказать испанцы и португальцы мятежным феодалам-христианам, объявил деятельность христианских проповедников-иезуитов незаконной. Такая мера была малоэффективна, так как лишь заставила иезуитов скрыться во владениях дружественных им феодалов и там тайно проповедовать свою религию.

Сам Хидэёси был человеком незнатного происхождения, поэтому не мог претендовать на звание сегуна. Он был лишь регентом. Перед самой своей смертью он завещал передать должность правителя по наследству его малолетнему сыну Хидэёри, которому до достижения совершеннолетия помогать осуществлять управление страной должен был специально созданный совет покорившихся Хидэёси феодалов, среди которых был и Токугава. Не успел Хидэёси умереть, как в совете начались распри, в результате которых в 1603 году сегуном был провозглашен Иэясу Токугава. Своей столицей он объявил город Эдо, который находился в самом центре подвластных ему восточных территорий. Так было положено начало Токугавскому сёгунату.