В этот период влияние представителей буддистского духовенства невероятно возросло. Их роль в японском государстве как более сильных, магических защитников страны и государя давала им неограниченные возможности для влияния на внутриполитические дела и к тому же щедро оплачивалась. Обретшее не только духовный авторитет, но и экономическое могущество, буддистское духовенство все чаще становилось помехой воле верховного правителя.

Конфликт дошел до того, что император отказывался даже строить буддистские храмы и старался всячески вытеснить монахов с занятых ими позиций. Недовольство официальной позицией представителей буддизма испытывали и рядовые монахи. Это повлекло за собой их бегство от повседневной суеты: стали появляться полуотшельнические общины в горах. Здесь нужно уточнить одну очень важную деталь японского менталитета: дело в том, что горы традиционно считались священным местом обитания ками — синтоистских божеств, а потому любое присутствие человека там было нежелательным, поскольку могло осквернить местность и вызвать гнев богов. Буддизм, который в Японии почитался как более действенная, нежели синтоизм, магическая практика, сумел выработать систему очистительных ритуалов, которые позволяли жить в священных местах без значительного ущерба для них. Авторитет буддистских горных отшельников был огромен: живя в непосредственной близости от богов, они брали на себя обязанности по «передаче» молитв, что гарантировало более скорую их реализацию. Такие отшельники «ямабуси» («спящие в горах») посвящали свою жизнь постоянным духовным упражнениям, целью которых было достичь просветления и обрести сверхъестественные способности. Новое течение получило название «сюгэндо», что в буквальном смысле и означает: «путь упражнений и обретения способностей». Когда это явление было принято на официальном уровне, такие отшельники стали зваться «хидзири», т. е. мудрецы, и именно они сыграли важную роль в восприятии японцами буддизма не только в качестве магии, но и как философского учения.

Именно из их числа вышли основатели двух собственно японских буддистских школ: монахи Сайте и Кукай. Первый стал во главе школы Тэндай, которая основным своим священным текстом почитала Лотосовую Сутру, где признавалась возможность всех существ достичь просветления. Кукай же избрал источником своего учения Сутру Великого Солнца, провозглашавшую возможность стать Буддой при жизни, и основал школу Сингон. С возникновением такого эзотерического буддизма настал новый этап во взаимоотношениях синтоизма и буддизма. Отныне местные японские божества почитались как Будды. Это понимание легло в основу эзотеризма новых буддистских школ: «то, что на поверхности, воспринимается как ками (явное), в глубине своей суть Будды и Бодхисаттвы (тайное)». Эта идея легла в основу выработанных в двух японских школах синкретических учений: Санно итидзицу синто («Синто единой реальности Горного владыки») в Тэндае и Рёбусинто («Двойной Путь богов») в Сингоне. Оба эти направления тесно переплетались между собой, кроме того, значительное влияние на их формирование оказывали синтоистские служители, среди которых были и сторонники, и противники учений. Однако окончательное формирование доктрин обеих школ произошло несколько позднее, в эпоху Камакурского сёгуната.

Еще одним направлением освоения японцами буддизма стала секта «дзедо», в отличие от эзотерического буддизма ратовавшая за упрощение буддистского учения и приспособление его к нуждам простого ^японского народа. Культ Будды Амиды, почитаемого этой школой, получает все большее распространение в Японии. Согласно этому учению, достаточно было произнести: «О милосердный Будда Амида!», — чтобы гарантировать себе избавление от грехов, а следовательно, последующих перевоплощений. Такая трактовка буддизма приглянулась японской знати, что обеспечило ее быстрое распространение в стране.