В эпоху так называемого правления экс-императоров все более важную роль начинали играть города, обусловив направление развитие социальной и экономической сфер в последующие периоды. Города в ту пору были немногочисленны, но быстрое развитие и повышение престижа городов способствовало возникновению новых. Все японские города можно разделить на четыре типа согласно месту их возникновения. Так, упоминавшиеся города Нара и Хэйан относятся к прихрамовым, поскольку выросли вокруг или около буддистских храмовых комплексов. Существовали также почтовые города, возникшие на основных торговых путях, портовые и призамковые, наиболее распространенные в эпоху феодализма в связи со строительством многочисленных замков и освоением околозамковых угодий. Произошло утверждение статуса Хэйана как столицы: если раньше столица менялась практически сразу после смерти каждого из правителей, то теперь наступила некоторая стабильность. Даже несмотря на то, что после очередного пожара Хэйан сгорел почти дотла, предпочтение было отдано ему. Город был отстроен заново и переименован в Киото, что означает «Столичный город».

Одним из значительных достижений городской экономики XI века стало появление специализированных рынков «дза». Первоначально этим словом обозначалось просто место одного из торговцев, но постепенно его значение расширилось, и оно стало употребляться для названия рынка в целом, а позже и для обозначения объединений ремесленников (наподобие европейских средневековых цехов). Эти рынки были свойственны и провинциальным городам, хотя, конечно, уровень качества продаваемых товаров в столице был намного выше. Как правило, у торговцев каким-то одним видом товара существовал покровитель, обеспечивающий монополию на этот товар: в его роли мог выступить феодал, на территории которого возник город, храм, а в столице это мог быть любой придворный, пожелавший заняться коммерцией. Рынки были меновыми: деньги если и были, то китайские, поскольку собственного монетного дела Япония не знала вплоть до XVI столетия.