Значимым событием XIII века, еще более усугубившим внутриполитический кризис, стала угроза монгольского нашествия. Хубилай-хан, возглавлявший в то время монгольские войска, прислал посольство с требованием добровольно подчиниться монголам. Японское правительство проигнорировало это заявление, тогда в 1274 году к японским берегам подошел многочисленный монгольский флот. Эту попытку захвата, как и последующую — в 1281 году — предотвратил внезапно налетевший тайфун. Именно после этих событий появилось слово «камикадзэ», которое буквально означает «божественный ветер», а в годы Второй мировой войны стало употребляться для обозначения японских летчиков — грозы войск противников. Монгольские способы ведения войны были восприняты японскими командующими, что способствовало усилению самурайства. Когда исчезла угроза внешнего вторжения, в стране возобновились междоусобные распри. Влиятельный юго-западный феодал Асикага Такаудзи в мае 1333 года захватил Киото и положил конец и без того еле теплившейся власти императорского дома. В это же время один из противников камакурского сёгуната Нитта Ёсисада почти поголовно истребил всю семью, правившую в Камакура. Начался новый этап борьбы за власть: соперничество кланов Асикага и Нитта.